In seizoen 16 gaat de strijd door om Amerika veilig te houden. Het team start met een wereldwijde zoektocht naar hun eigen Director, Vance (Rocky Carroll). Bedreigingen van buitenaf worden ineens persoonlijk wanneer Bishop (Emily Wickersham) op het punt staat om een ‘cold case’ te heropenen. Een marine ziekenhuis ondergaat een shooter lockdown en Gibbs (Mark Harmon) wordt gewaarschuwd door een ex-agent die een groot gevaar heeft ontdekt… Natuurlijk is er nog veel meer te zien in de 24 afleveringen van dit bloedstollende seizoen van NCIS. Aan het einde van de dag is er maar een ding zeker: het team dat samen vecht, zal samen overleven.