Een jonge Peter Parker/Spider-Man (Tom Holland), die zijn sensationele debuut maakte in Captain America: Civil War, begint zijn nieuwe identiteit als webslingerende superheld te verkennen. Na zijn spannende ervaring met de Avengers keert Peter naar huis, waar hij bij zijn tante May (Marisa Tomei) woont, onder het waakzame oog van zijn nieuwe mentor Tony Stark (Robert Downey, Jr.). Peter probeert zijn normale leven weer op te pakken, maar wordt afgeleid door gedachten om zich te bewijzen als meer dan de vriendelijk Spider-Man uit de buurt. Wanneer de Vulture (Michael Keaton) echter verschijnt als nieuwe schurk, komt alles wat Peter belangrijk acht in gevaar.