De Boxtrollen zijn monsters die onder de charmante straten van Kaasbrugge wonen, 's nachts kruipen ze uit het riool om kinderen te ontvoeren en heerlijke kaasjes te stelen. Tenminste…. Dat is de legende die de inwoners van de stad geloven. De waarheid is echter anders, de Boxtrollen zijn lieve rare snuiters en samen zorgen ze voor het weesjongetje Eitjes. Wanneer ze worden bedreigd door een schurkachtige verdelger moet Eitjes hulp zoeken in de stad boven de grond om zijn unieke familie te redden. Hij ontmoet een avontuurlijk jong meisje en samen moeten ze niet alleen de Boxtrollen redden maar ook de ziel van de stad.